Методичні рекомендації з діагностики вірусів культур роду Rubus spp. (малина й ожина) 

DOI: 10.35205/978-617-7594-85-6-2025-21-42

УДК 632.38:634.71

Методичні рекомендації з діагностики вірусів культур роду Rubus spp. (малина й ожина).  Упорядники: Ряба І.А., Медведєва Т.В., Удовиченко К.М.  

Methodological Guidelines for the Diagnosis of Viruses in Crops of the Genus Rubus spp. (Raspberry and Blackberry).
Editors: Riaba I.A., Medvedieva T.V., Udovychenko K.M.

These methodological guidelines provide a concise overview of the most economically harmful viruses affecting raspberry and blackberry, as well as a list of effective diagnostic methods for viral diseases. The guidelines are based on an analysis of published scientific literature combined with the authors’ own observations and research.
The methodological guidelines may be used in specialized higher education institutions and research organizations.

В книзі  Біотехнологічні методи в садівництві: збірник методичних рекомендацій. Інститут садівництва НААН, 2025.  86 с.   DOI: 10.35205/978-617-7594-85-6 ISBN-978-617-7594-85-6

У рекомендаціях запропоновано коротку характеристику найбільш шкідливих для малини й ожини вірусів, перелік 
ефективних методів діагностики вірусів. Рекомендації підготовлено на основі аналізу опублікованих даних літературних 
джерел та власних спостережень і досліджень.
Дані методичні рекомендації можуть використовуватись у профільних закладах вищої освіти та наукових установах

                               ЗМІСТ

Перелік умовних позначень та скорочень ......  23
Вступ  ........    24
1.    Характеристика патогенів, які можуть інфікувати малину й ожину  .......    27
2.    Методи діагностики патогенів .......   31
2.1.    Діагностика методом імуноферментного аналізу ........    31
2.2.    Діагностика методом полімеразної ланцюгової реакції   .......  34
Список використаної літератури .......     38

1. Культури плодові та ягідні. Методи визначення фітовірусологічного статусу садивного матеріалу кущових ягідних культур: ДСТУ 7185:2010. [Чинний від 01.07.2010]. К. 2011. 13 с. 
2. Про карантин рослин: Закон України від 30.06.1993 р. № 3348-XII [Електронний ресурс] / Відомості Верховної Ради України. 1993. Режим доступу до ресурсу: https://zakon.rada.gov.ua/laws/term/28269 (дата звернення: 6.03.22).
3. Сadman C.H. Studies in Rubus virus diseases II: three types of vein chlorosis of raspberrіеs. Annals of Applied Biology. 1952. Vol. 39. P. 61.
4. Тряпіцина Н.В., Ярещенко О.М., Медведєва Т.В., Удовиченко К.М., Лушпіган О.П., Супрун К.І. Віруси, що домінують в насадженнях кущових ягідних культур. Садівництво. 2013. № 67. С. 193–203.
5. Bertaccini A., Vibio M., Gennari F., Guerrini S., Benni A. and Lee I.-M. Detection of mycoplasmalike organisms (phytoplasmas) in Rubus by nested polymerase chain reaction (PCR). Acta Hortic. 1995. Vol. 385. Р. 126–131. DOI: 10.17660/ActaHortic.1995.385.18. 
6. Besse S., Gugerli P., Ramel M.-E. and Balmelli C. Characterization of mixed virus infections in Ribes species in Switzerland. Julius Kühn-Archiv. 2010. Vol. 427. P. 214–217.
7. Bruni R., Bianchi A., & Bellardi, M. Essential oil composition of Agastache anethiodora Britton (Lamiaceae) infected by cucumber mosaic virus (CMV). Flavour and Fragrance Journal. 2007. Vol. 22. P. 67-70. DOI: 10.1002/ffj.1760 
8. Cadman C. H. Raspberry viruses and virus diseases in Britain. Hort. Res. 1961. 1. Р. 47–61.
9. Çağlayan K., Gazel M., Roumi V., Lamovsek J., Beber A., Pleško I.M. Sweet cherry a new host of raspberry bushy dwarf virus. J. Plant Pathol. 2023. Vol. 105. P. 307–311. DOI: 10.1007/s42161-022-01257-1
10. Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem. Bull. 1987. №19. Р. 11-15. 
11. Clark M. F., Adams A. N. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. Journal of General Virology. 1977. Vol. 34. no. 3. Р. 475–483. DOI: 10.1099/0022-1317-34-3-475
12. Converse R. H. Influence of heat-labile components of the raspberry mosaic virus complex on growth and yield of red raspberries. Phytopathology. 1963. Vol. 53. P. 125l–1254.
13. Deng S., Hiruki C. Amplification of 16S rRNA genes from culturable and non-culturable mollicutes. Journal of Microbiological Methods. 1991. 14(1). P. 53–61. DOI: https://doi.org/10.1016/0167-7012(91)90007-D  
14. Digiaro M., Elbeaino T. and Martell G. P. Development of degenerate and species specific primers for the differential and simultaneous RT PCR detection of grapevine-infecting nepoviruses of subgroups A, B and C. Journal of Virological Methods. 2007. Vol. 141. P. 34–40. DOI: 10.1016/j.jviromet.2006.11.033
15. Food and Agriculture Organization of the United Nations. URL: https://www.fao.org/faostat/ru/#data/QCL (дата звернення: 18.11.2024)
16. Gundersen D.E., Lee I.M. Ultrasensitive detection of phytoplasmas by nested-PCR assays using two universal primer pairs. Phytopathologia Mediterranea. 1996. 35(3). P.  144–151. DOI: http://www.jstor.org/stable/42685262
17. Halgren A., Tzanetakis I. E., Martin R. R. Identification, characterization, and detection of Black raspberry necrosis virus. Phytopathology. 2007. 97(1). P. 44–50. DOI: https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-0044
18. Harrison B. D. Cucumber mosaic virus in raspberry. Plant Pathology. 1958. Vol. 7. P. 109–111. DOI: 10.1111/j.1365-3059.1958.tb00843.x
19. Higuita M., Pérez A., Gallo Y. et al. A global analysis of the Rubus virome using public transcriptome data. Eur J Plant Pathol. 2024. Vol. 170. P. 373–389. DOI: 10.1007/s10658-024-02904-2 
20. International Committee on Systematic Bacteriology Subcommittee on the Taxonomy of Mollicutes. 1993. Minutes of the interim meetings, 1 and 2 August 1992, Ames, Iowa. Int. J. Syst. Bacteriol. Vol. 43. Р. 394–397.
21. Jones A. T., Gordon S. C. & Jennings D. L. A leaf-blotch disorder of tayberry associated with the leaf and bud mite (Phyllocoptes gracilis) and some effects of three aphid-borne viruses. Journal of horticultural science. 1984. Vol. 59. no. 4. P. 523–528.
22. Jones A. T., Wood G. A. The occurrence of Cherry leaf roll virus in red raspberry in New Zealand. Plant Disease Reporter. 1978. Vol. 62. P. 835–838.
23. Jones A.T., McGavin W.J., Geering A.D.W., Lockhart B.E.L. Identification of Rubus yellow net virus as a distinct badnavirus and its detection by PCR in Rubus species in aphids. Annals of Applied Biology. 2002.  141(1). Р. 1-10. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1744-7348.2002.tb00189.x
24. Komínek P., Svoboda P., Aboughanem N. Improved detection of Аrabis mosaic virus in grapevine and hop plants. Acta Virologica. 2003. Vol. 47. no. 3. Р. 199–200. 
25. Li N., Yu C., Yin Y., Gao S., Wang F., Jiao C., & Yao M. Рepper crop improvement against cucumber mosaic virus (CMV): A Review. Frontiers in Plant Science. 2020. Vol. 11. DOI: 10.3389/fpls.2020
26. MacFarlane S. A. Virus тaxonomy, ninth report of the international committee on naxonomy of viruses. Genus Idaeovirus. Elsevier Academic Press. London, UK. 2011. Р. 1173–1175.
27. MacLatchy I. PHPD 00-40 Plant Health Risk Assessment Rubus Stunt Phytoplasma. Plant Health Risk Assessment Unit, Ottawa, ON. 2001.
28. Martin R. R Viruses and virus disease of Rubus. Plant Disease. 2013. Vol. 97. mo. 2. DOI: 10.1094/PDIS-04-12-0362-FE
29. McGavin W. J., Mitchell C., Cock P.J.A., Wright K.M., MacFarlane S.A. Raspberry leaf blotch virus, a putative new member of the genus Emaravirus, encodes a novel genomic RNA. Journal of General Virology/ 2012. 93(2). P. 430–437. DOI: https://doi.org/10.1099/vir.0.037937-0
30. McGavin W.J., Cock P. J.A., MacFarlane S.A. Partial sequence and RT-PCR diagnostic test for the plant rhabdovirus Raspberry vein chlorosis virus. Plant Pathology/ 2011. 60(3). P. 462–467. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2010.02387.x 
31. McMenemy L. S., Mitchell C., Johnson S. N. Biology of the European large raspberry aphid, Amphorophora idaei: its role in virus transmission and resistance breakdown in red raspberry. Agric. For. Entomology. 2009. Vol. 11. P. 61–71. DOI: 10.1111/j.1461-9563.2008.00409.x
32. Menzel W., Jelkmann W., Maiss E. Detection of four apple viruses by multiplex RT-PCR assays with coamplification of plant mRNA as internal control. Journal of Virological Methods. 2002. 99(1-2). P. 81–92. DOI: https://doi.org/10.1016/s0166-0934(01)00381-0  
33. Moskovets S. M., Glushak L. E. Several properties of cucumber mosaic virus (CMV-1). Mikrobiolohichnyi Zhurnal. 1970. Vol. 32. no. 1. P. 64–69.
34. Murant A. F. CMI/AAB Descr. – Arabis mosaic virus. Plant Viruses. 1970. No. 16. Р. 4.
35. Murant A. F., Chambers J., Jones A. T. Spread of Raspberry bushy dwarf virus by pollination, its association with crumbly fruit, and problems of control. Ann. of AppL Biol. 1974. Vol. 77. P. 271–281.
36. OEPP/EPPO. PM 4/10 (2): Certification scheme for Rubus. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin. 2009. Vol. 39. No. 3. P. 271–277. DOI: 10.1111/j.1365-2338.2009.02308.x  
37. Pavliuk L., Udovychenko K., Riaba I., Bublyk M. Detection of sour and sweet cherry viruses in Ukraine. Agronomy Research. 2021. Vol. 19, no. 1. P. 199–209. DOI: 10.15159/AR.20.238 
38. Pozhylov I., Snihur H., & Budzanivska I. Phylogenetic analysis of Ukrainian isolate of raspberry leaf blotch virus. AGROFOR. Vol. 6 no. 1. 2021. P. 19–25. 10.7251/AGRENG2101019P 
39. Quito-Avila D. F., Jelkmann W., Alt S., Leible S., Martin R. R. A new member of the family Reoviridae may contribute to severe crumbly fruit in red raspberry, Rubus idaeus ‘Meeker’. Proceedings of the 21st International Conference on Virus and other Graft Transmissible Diseases of Fruit Crops ICVF, (Neustadt, Germany, 5-10 July). 2010. P. 18–23.
40. Rebenstorf K., Candresse T., Dulucq M. J., Buttner C., Obermeier C. Host species-dependent population structure of a pollen-borne plant virus, Cherry leaf roll virus. Journal of Virology. 2006. Vol. 80. No. 5. P. 2453 – 2462. DOI: 10.1128/JVI.80.5.2453-2462.2006 
41. RMD-09-01: Фітоплазма Rubus stunt (RSP), збудник хвороби Rubus stunt. 2012. Available on: https://inspection.canada.ca/plant-health/invasive-species/directives/pest-risk-management/rmd-09-01/eng/1330474804915/1330474882989. [Accessed: 6 August 2024]
42. Sanfaçon H., Iwanami T., Karasev A. V., van der Vlugt R., Wellink J., Wetzel T., and Yoshikawa N. Secoviridae. In: Virus Taxonomy. 9-th Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. eds. Academic Press. 2012. San Diego, CA, USA. 
43. Schneider B., Seemüller E., Smart C.D., Kirkpatrick B.C. 1995. Phylogenetic classification of plant pathogenic mycoplasma-like organisms or phytoplasmas. In: S Razin, JG Tully, eds. Molecular and Diagnostic Procedures in Mycoplasmology. San Diego, CA, USA: Academic Press. 1995.  P. 369–80. DOI: https://doi.org/10.1016/B978-012583805-4/50040-6 
44. Schoch C.L. et al. NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools. 2020. Database (Oxford). baaa062. PubMed: 32761142 PMC: PMC7408187. Available on: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2732890 [Accessed: 23 August 2024]
45. Strik B., Martin R. R. Impact of Raspberry bushy dwarf virus on ‘Marion’ Blackberry. Plant Disease. 2003. Vol. 87. Р. 294–296.
46. Thekke-Veetil T., Khadgi A., Johnson D., Burrack H., Sabanadzovic S., Tzanetakis I. E. First report of raspberry leaf mottle virus in blackberry in the United States. Plant Disease. 2017. Vol. 101 (1). P. 265.
47. Tzanetakis I. E., Halgren A., Mosier N., Martin R. R. Identification and characterization of Raspberry mottle virus, a novel member of the Closteroviridae. Virus Research. 2007. 127(1). P.  26–33. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2007.03.010.
48. Wetzel T., Krczal G. Molecular biology of Raspberry ringspot nepovirus. In: Plant Viruses. Global Science Books. 2007. Р. 45–51.