Методичні рекомендації з SSR-генотипування яблуні (Malus domestica Borkh.)
DOI: 10.35205/978-617-7594-85-6-2025-70-83
УДК 634.11: 575.11
Методичні рекомендації з SSR-генотипування яблуні (Malus domestica Borkh.). Упорядники: Удовиченко К.М., Ряба І.А., Яремко Н.О.
Methodological Guidelines for SSR Genotyping of Apple (Malus domestica Borkh.). Editors: Udovychenko K.M., Riaba I.A., Yaremko N.O.
These methodological guidelines provide a detailed description of the stages of SSR genotyping of apple (Malus domestica Borkh.), including sample preparation, DNA extraction, PCR amplification, analysis of amplification products, and evaluation of allelic profiles. A list of required equipment and reagents, as well as examples of working parameters for each stage, is provided.
The guidelines are aimed at ensuring reproducibility, accuracy, and comparability of results between laboratories and may be used in specialized higher education institutions and research organizations.
| В книзі Біотехнологічні методи в
садівництві: збірник методичних
рекомендацій. Інститут садівництва НААН, 2025. 86 с. DOI: 10.35205/978-617-7594-85-6 ISBN-978-617-7594-85-6 |
 |
У методичних рекомендаціях детально описано етапи проведення SSR-генотипування яблуні (Malus domestica Borkh.), включно з підготовкою зразків, екстракцією ДНК, постановкою ПЛР, аналізом ампліфікаційних продуктів та оцінкою алельних профілів. Наведено перелік необхідного обладнання, реактивів і приклади робочих параметрів для кожного етапу. Рекомендації спрямовані на забезпечення відтворюваності, точності та порівнюваності результатів між лабораторіями. Дані методичні рекомендації можуть використовуватись у профільних закладах вищої освіти та наукових установах
ЗМІСТ
Вступ .......... 72
1. Матеріали та обладнання .......... 75
1.1. Реактиви та витратні матеріали ......... 75
1.2. Лабораторне обладнання .......... 76
2. Методика проведення SSR-генотипування .......... 77
2.1. Екстракція ДНК ......... 77
2.2. Постановка ПЛР-реакції ......... 78
2.3. Аналіз продуктів ампліфікації ........... 80
Список використаної літератури ......... 82
1. Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem. Bull. 1987. №19. Р. 11-15.
2. Peil A., Kellerhals M., Höfer M., Flachowsky H. Apple breeding – From the origin to genetic engineering. Fruit, Vegetable and Cereal Science and Biotechnology. 2011. Vol. 5. P. 118–138.
3. Guilford P., Prakash S., Zhu J.M., Rikkerink E., Gardiner S., Bassett H., Forster R. Microsatellites in Malus domestica (apple): abundance, polymorphism and cultivar identification. Theoretical and Applied Genetics. 1997. Vol. 94. P. 249–254.
4. Hokanson S.C., Szewc-McFadden A.K., Lamboy W.F., McFerson J.R. Microsatellite (SSR) markers reveal genetic identities, genetic diversity and relationships in a Malus × domestica Borkh. core subset collection. Theoretical and Applied Genetics. 1998. Vol. 97. P. 671–683.
5. Liebhard R., Gianfranceschi L., Koller B., Ryder C.D., Tarchini R., Van de Weg E., Gessler C. Development and characterisation of 140 new microsatellites in apple (Malus domestica Borkh.). Molecular Breeding. 2002. Vol. 10. P. 217–241.
6. Silfverberg-Dilworth E., Matasci C.L., Van de Weg W.E., Van Kaauwen M.P.W., Walser M., Kodde L.P., Soglio V., Gianfranceschi L., Durel C.E., Costa F., Yamamoto T., Koller B., Gessler C., Patocchi A. Microsatellite markers spanning the apple (Malus domestica Borkh.) genome. Tree Genetics & Genomes. 2006. Vol. 2. P. 202–224.
7. Van Treuren R., Kemp H., Ernsting G., Jongejans B., Houtman H., Visser L. Microsatellite genotyping of apple (Malus domestica Borkh.) genetic resources in the Netherlands: application in collection management and variety identification. Genetic Resources and Crop Evolution. 2010. Vol. 57. P. 853–865.
8. Patocchi A., Fernández-Fernández F., Evans K., Gobbin D., Rezzonico F., Boudichevskaia A., Dunemann F., Stankiewicz-Kosyl M., Mathis-Jeanneteau F., Durel C.E., Gianfranceschi L., Costa F., Toller C., Cova V., Mott D., Komjanc M., Barbaro E., Kodde L., Rikkerink E., Gessler C., Van de Weg W.E. Development and test of 21 multiplex PCRs composed of SSRs spanning most of the apple genome. Tree Genetics & Genomes. 2009. Vol. 5. P. 211–223.
9. Lassois L., Denancé C., Ravon E. et al. Genetic diversity, population structure, parentage analysis, and construction of core collections in the french apple germplasm based on SSR markers. Plant Mol Biol Rep. 2006. Vol. 34. P. 827-844. https://doi.org/10.1007/s11105-015-0966-7
10. Urrestarazu J., Denancé C., Ravon E., Guyader A., Guisnel R., Feugey L., Poncet C., Lateur M., Houben P., Ordidge M. et al. Analysis of the genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals prominent gene flow in apple at the European level. BMC Plant. Biol. 2016. Vol. 16. P. 130. DOI: https://doi.org/10.1186/s12870-016-0818-0
